嘉靖四十五年(公元1566年)二月，也就是海瑞京一年半以后，这位“位卑未敢忘忧国”的六品司员，向嘉靖皇帝呈上了《直言天下第一事疏》。海瑞知当朝的这位皇帝是只听得好话听不批评的，因此开宗明义就说一个皇帝是否够格关键就在于能不能让臣民知无不言，言无不尽。接下来，他便对嘉靖本人行诛心剖骨的批评。他指，如果拿汉文帝刘恒和当今圣上相比，则圣上的“天资英断”要远远超过汉文。然而圣上的仁德政绩，比起汉文来，却差得很远。汉文帝创造了历史上有名的“文景之治”而当今皇帝创造的，却是“吏贪官横，民不聊生，旱无时，盗贼滋炽”的局面。究其所以，就因为他这个皇帝昏聩多疑 (心惑)、刚愎残忍(苛断)、自私虚荣(情偏)，既是昏君，又是暴君。他还指，嘉靖不但从政治的角度看不是好皇帝，从理的角度看也不是好男人。难怪普天下的臣民百姓，早就认为你不对了（天下之人不直陛下久矣)！也难怪老百姓要以你的年号来表示对你的不满，说什么“嘉靖嘉靖”就是“家家皆净”(一无所有)了！其实，臣民们的要求并不，无非希望官府的盘剥轻一，当局的关怀多一，冤假错案少一，社会风气正一。这都是很容易到的事“而陛下何不为之”？

这样的奏疏真是史无前例。正如黄仁宇先生所指，往常谏臣的批评都是对事，只有海瑞的批评是对人，更不要说还有那咄咄人的气了！因此此疏一，立即引起轩然大波，海瑞的刚直也名震天下“上自九重，下及薄海，内外无不知有所谓海主事者”

然而海瑞是一个闲不住的人，想事的人，喜琢磨问题的人，对国家对君主认真负责的人，也是个只知不知退的人。既然没有小事可，那他就只好去考虑大事。他现在已经中央政府(尽职位低得可怜，离所谓中枢还十分遥远)，不再是一个有局限的地方官，很可以站在历史和全局的度思考一些问题了。而且，与那些自命不凡、以天下为己任的儒生一样，海瑞认为他应该对时局和朝政发布自己屋建瓴的见解，而国家的现状又十分地令他不能满意。不但离孔夫他们设计的唐尧虞舜般太平盛世相距甚远，而且简直就是危机四伏。海瑞觉得自己不能沉默。一正义和使命从他心中升起。他决定发起攻。这一回，他把斗争的矛直接指向了当今皇上。

说，像海瑞这样不会结上司，还要老去惹是生非的人，能保住七品县令的职位，已经是万幸了。然而海瑞的运气奇的好。严嵩的倒台终于引起一系列连锁反应，人们开始对严嵩当权时的人和事一一行清理和甄别。中国官场历来就是以人划线的。严嵩一倒，他所扶植任用的胡宗宪、鄢懋卿之也得跟着完。这些人既然被确定为坏人，那么，当年反对过他们的人也就一律是好人。这也是中国政治斗争中最通用的逻辑，历来如此的。海瑞以卑微之职公然对抗令人谈虎变的权臣，就不但是大大的好人，而且是大大的英雄了。于是，在担任兴国知县一年半后，海瑞被调往北京，任云南司主事，官阶正六品。

主事，是一个不大不小、不上不下的职位。正如黄仁宇先生所言：“大政方针自堂官尚书侍郎，技术上的细节则为吏员所纵。像海瑞这样的主事，本不必每日到办公，不过只是日渐一日增积官的资历而已。”

嘉靖皇帝倒是看完了奏疏的全文。这样的奏疏他从未见过(也不会有人见过)，便是于好奇也会把它看完。但看完之后的震怒也可想而知。据说他当场把奏折摔在地下，气急败坏地狂喊：上把这家伙抓起来，不要让他跑了！然而海瑞这一回的事，实在太了不起了，连太监女都被他动，心中很是有些敬佩。于是宦官黄锦跪下来不慌不忙地奏：万岁爷不必动怒。听说此人向来就有痴名，上疏前就买好了棺材，诀别了家人，安排了后事。这个人是不会逃跑的。嘉靖听罢，长叹一声，又从地上拣起奏本一读再读。

据说嘉靖私心也认为海瑞所说是实。他曾多次

准备和新任淳安知县办移时，袁淳在京弹劾了他。袁淳也是严嵩一党，和鄢懋卿更是狐朋狗友。他作为巡盐御史巡浙江时，在海瑞那里亲领教了简慢的招待，还和海瑞大吵了一架，于是便弹劾海瑞“倨傲弗恭，不安分守”只是由于曾当过海瑞上司的朱衡已任吏侍郎，极力向吏尚书严讽推荐，海瑞才在免职后又被调任兴国知县。